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《万历十五年》以1587年为关节点，在历史的脉络中延伸，从政治、经济、军事等各个方面的历史大事与人物着手，记叙了明朝中晚期的种种社会矛盾和开始走向衰败的迹象。作者指出，“这些事件，表面看来虽似末端小节，实质上却是以前发生大事的症结，也是将在以后掀起波澜的机缘。其间关系因果，恰为历史的重点”。正是从这些细枝末节的中，作者认识到，万历十五年是明朝甚至是整个中国封建社会走向灭亡的转折点，是历史的关节点。 [2]
全书6小时12分
艺术特色
该书章节安排较有寓意， 全书选择了万历皇帝、张居正、申时行、海瑞、戚继光、李贽等六个主要人物来解剖。书中的每一章，都像是主要人物的传记， 每部分都像是写某一个人，但作者展现的不仅仅是单个的人和事，其叙述的人和事都与当时的社会制度联系在一起，中央集权制度、内阁制、科举制、文官制度、朝服特点、丧礼程序等等。作者以传记体的铺叙方式展开，让读者对人物的生平、思想、政绩、履历有了一个整体的了解，但是，在铺排叙述的过程中，在大故事套小故事的串联中，作者展现的是人物生活背后更为广阔的社会历史。 [2]
叙事角度
《万历十五年》以散漫的笔调叙事，叙事视角转换灵活而自由。全书多以全能视角叙事，但作者常转换叙述的角度。如在第一章“万历皇帝”一章中，作者以万历皇帝的角度，描述了身为君主的种种限制与无奈，从深层角度分析了其消极怠政的原因及其逐渐消极反抗的过程。作者从万历皇帝的角度展开分析，剖析其怠政的原因，站在万历皇帝的视角，让读者看到了一个较为真实的、不一样的皇帝，使读者对万历皇帝有了更深入的了解，也使得万历皇帝这一形象生动而丰满，更对其昏庸的印象多了一份理解与同情。 [2]
作品影响
该书英文版推出后，被美国多所大学采用为教科书，获得美国书卷奖1982年和1983年历史类好书两次提名。中文版入选《新周刊》和《书城》“改革开放20年来对中国影响最大的20本书”。 [6]
截至2022年5月，《万历十五年》在国内整整出版40年，创下了史学读物很难企及的近600万册的销售纪录，成为历久弥新的一个奇特出版现象。 [13]
作品评价
中华书局原总编辑傅璇琮：这本书的撰写，确实拓新了我们看待历史、观察社会的眼光。 [6]
中国当代学者王小波：我说《万历十五年》是本好书，但又这样鸡蛋里挑骨头似的找它的毛病。这是因为此书不会因我的歪批而贬值，它的好处是显而易见的。它是一面镜子，照见了我们的前辈——古时候的读书人，或者叫作儒生们——是怎样做人做事的。古往今来的读书人，从经典里学到了一些粗浅的原则，觉得自己懂了春秋大义，站出来管理国家，妄断天下的是非曲直，结果把一切都管得一团槽。大明帝国是他们交的学费，大清帝国同样是他们交的学费。老百姓说：罐子里养王八，养也养不大。儒学的罐子里长不出现代国家来。万历十五年是今日之鉴，尤其是人文知识分子之鉴，我希望他们读过此书之后，收拾起胸中的狂妄之气，在书斋里发现粗浅原则的热情会有所降低，把这些原则套在国家头上的热情也会降低。少一些造罐子的人，大家的日子就会好过了。 [5]
中国当代作家王朔：这本书改变了我对历史书、对历史的看法。……《万历十五年》像一扇窗，打开了我的视野。 [6]
美国作家约翰·厄普代克：《万历十五年》尽管是一部严谨的学术作品，但却具有卡夫卡小说《长城》那样的超现实主义的梦幻色彩。 [6]本书相当于一纸诉状。简而言之，帝国的官僚们一意保持传统与稳定，从而丧失了主动性，甚至不惜行事不公。黄先生告诉我们，明朝的特征在于“依靠意识形态作为统治手段，意识形态充斥在帝国的各个方面，无论从强度还是广度来说，都是空前未有”。 [5]
中央民族大学历史文化学院教授陈梧桐：黄仁宇的《万历十五年》中文版1982年在中华书局出版后，赞誉之声不绝于耳，我买来一读，却觉得虽然视角比较独特，写法比较新颖，但史料的处理极不严谨，得出的结论也难令人苟同。我查过《万历十五年》的脚注，并非完整引用，多是掐头去尾，是在搞“六经注我”——对我有用的材料才用，没用的直接去掉。还有一些脚注根本找不到原文。此书虽然在总设计上属于“大历史”的范畴，但主要的研究方法却是“以论带史”的老套路，并没有什么高明之处……总之，黄仁宇的《万历十五年》，由于作者错误的明史观，加之违反史学研究的规范，对史料采用各取所需甚至歪曲、篡改的手段，对具体历史事实的叙述并非全部真实、可靠，得出的结论也失之于偏颇、片面，作为学术著作尚不够格，作为大众读物传播的是错误的明史知识，实在不值得肯定和热捧。